Olá Dgershon,bom dia!
A lei não diz que esses dias excedentes devem ser trabalhados e nem indenizados.
Realmente existe uma lacuna e no entendimento da maioria dos sindicatos e profissionais da área, o colaborador deverá cumprir apenas 30 (trinta) dias e os demais deverão ser indenizados conforme o tempo de serviço.
Entendo que a criação da Lei 12.506/2011 foi inteiramente para favorecer ao empregado e não ao empregador,logo é prejudicial mante-ló por até 90 dias cumprindo aviso,sem falar nos constrangimentos e situações internas que podem levar a passivos trabalhistas,inclusive impossibilitar que o mesmo esteja na procura de um novo emprego.
Aqui o nosso contador é também advogado da área e todas as nossas empresas para qual prestamos serviços cumpre a regra do cumprimento somente dos 30 dias,além do nosso sistema de folha não permitir automaticamente colocar esses dias excedentes.
Aconselho sempre consultar o Sindicato da categoria e aqui na Bahia TODOS que seguimos não permitem essa pratica. Faz uma consulta na CCT para verificar se está agindo corretamente.
Att,