Raquel, boa tarde.
Se o salario do empregado que irá substituir o outro e menor, então cabe a empresa pagar a diferença, essa diferença ela NÃO pode ser incorporada ao salario, então criará uma verba especifica, (com todas as tributações), exemplo
Salario do empregado que irá substituir = 1.200,00
Salario do empregado afastado = 1.500,00
Então a diferença = 300,00
A folha de pagto ficará assim
Salario = 1.200,00
Salario Substituição = 300,00
Desta forma o empregado ficará ciente que quando terminar a substituição, não terá mais direito ao salario substituição, DEVE TAMBÉM ATENTAR A CONVENÇÃO COLETIVA DE TRABALHO, existe na maioria um periodo máximo, ok..