Funcionário recebendo auxílio doença e empresa precisando ser baixada

Boa tarde!

Uma pessoa me procurou com a seguinte situação: a empresa precisa ser baixada, pois ela não tem mais condições de mantê-la- Só que ela tem um funcionário que, em novembro deste ano, vai fazer dois anos que está recebendo auxílio doença devido a um acidente de trajeto. A empresa está depositando o FGTS durante este período. 

A empresa pode efetuar a rescisão do funcionário? 

Caso negativo, ela precisa dar baixa, como deve proceder?

Obrigado, novamente!

Atenciosamente,

Carlos A.

Carlos, bom dia.
Segue o link, MAS deve também consultar o sindicato antes de efetuar a demissão e fazer a homologação no Sindicato para evitar problemas futuros, ok..

http://www.empresario.com.br/legislacao/edicoes/2008/enc_ativ_emp_afas.html