Folha de pagamento

Olá, tenho uma empresa a mais de 8 anos. Porém ontem me deparei com a seguinte questão. 
Mandei as folhas de pagamento para meu contador (auxiliar dele), e reparei que o salário do meu pessoal estava dando o mesmo que O mês de Setembro, com algumas diferenças.  Percebi que estava errada, porque neste mês de Outubro começamos a trabalhar 5x2 (seja ela folgas em dia de semana ou final de semana) não realizamos mais, tantas horas extras, quanto o mês de Setembro. Ou seja o salário não daria a mesma quantia que o mês retrasado onde eles tiveram várias horas extras e folgavam apenas domingo. 

Minha pergunta é: - Posso calcular folhas de pagamento dentro da minha empresa mesmo? Existe algum programa pra isso? E as guias eu mesma posso fazer ou as guias só o contador faz?  E é preciso meus funcionários assinarem  um acordo desses 5x2? 

Thais, bom dia.
Sim, precisa de um contador, isso porque envolve vários módulos/obrigações, tais como: Folha de pagto, Encargos (inss,fgts,irenda, etc...), SEFIP/GFIP, CAGED, RAIS, DIRF,Informe de Rendimentos, esocial, etc..., então precisa de um profissional que conheça muito bem e esteja atualizado na legislação que altera quase todos os dias. Qualquer alteração contratual tem que ter a concordância do empregado, e no seu caso sim, precisa de um adendo ao contrato de trabalho e além disso em quando se trata de alteração NO HORÁRIO DE TRABALHO, menciono isso quando altera-se a jornada de diurno para noturno ou vice-versa, nesse caso especifico precisa da avaliação médica, isso porque tem "gente" que não pode trabalhar no periodo noturno(conheço uma pessoa que tem essa dificuldade).
Agora precisa verificar o que aconteceu, lembrando que no mês de setembro tivemos 30 dias e no mês de Outubro 31 dias, isso para quem é horista há um acrescimo de 07h20m a mais no pagamento, diferente do mensalista que independente da quantidade de dias no mês o seu salario sempre será o mesmo.



whatsapp = 0xx12.99768.5454