Regularização e demissão funcionária

Boa tarde, se puderem me ajudar em um problemão, 

Meu amigo contador com um cliente novo mantinha uma funcionária sem registro desde mar/2019 e agora em novembro a demitiu e temendo ações trabalhistas quer regularizar a situação e fazer a rescisão POR JUSTA CAUSA, (demissão por vários motivos que prefiro não comentar). 

Por onde começamos para regularizar e depois fazer a rescisão? 

Minha orientação nesse caso seria fazer uma acordo extrajudicial com a funcionaria;
Você acha que ela não vai entrar na justiça? não fez o registro no tempo habil, não recolheu INSS, não recolheu FGTS e somente vai fazer para demitir a colaboradora? Não vou entrar em no mérito nas consequências, o procedimento é fazer as folhas de pagamento retroativo e recolher todas as guias em atraso..