GRDE E GUIA DE FGTS PAGA DUAS VEZES

Estou com um caso em que o empregador pagou 2x a guia de fgts mensal da comp. 06/2019 ai fiz o processo para pedir a devolução do FGTS, mas a caixa viu que tinha débitos anteriores e abateu o valor dessa guia nas comp. 03/2017 e 04/2017(valor proporcional) e veio o comprovante a GRDE no e-mail.Agora preciso recalcular individual  o fgts de 3 funcionários e tirei o extrato para fins rescisórios e estava constando que não foi pago essas comp. 03 e 04 , como procedo nesse caso gente, liguei na caixa mas eles não sabem.
Será que tenho de informar uma gefip com algum codigo ?

Boa tarde.

Tenho um caso parecido, eu fiz da seguinte forma, puxei a folha do mês para sefip e aloquei os funcionários que ja foram pagos na categoria 9 e os que não foram pagos na categoria 0, recolhendo assim somente dos que estavam em aberto.

O problema de fazer isso é por causa do INSS, depois geram muitos problemas caso a empresa queira quitar o inss, no meu caso a empresa ja tinha abandonado o inss e queria so pagar os fgts em aberto de um funcionário.

Então mas nesse caso em uma comp. não sei quais funcionários que abateu pq foi valor proporcional.
ex a guia total era 1000 mas ai a caixa abateu 500 para chegar no valor da guia que foi paga duas vezes.