Bom dia
uma opção seria entrar em contato com o sindicato para ver o que eles indicam quanto ao recolhimento da rescisão, tive um caso no qual eles indicaram fazer o reajuste em 3% na época para a rescisão e pronto, posteriormente, independente do reajuste (se fosse maior ou menor) não teríamos que arcar com a diferença, mas eles sempre passam essa alíquota majorada, se não me falha a memória o reajuste ficou em 2% e uns quebrados.
Outra opção é fazer a rescisão normal e quando sair o dissídio você faz o complemento com a diferença.
Fora isso, não ficou muito claro para mim se a dúvida era somente isso. Quanto ao período que está demitindo, fale com o sindicato, pois realmente em época de dissidio e tem a questão da multa, fica basicamente da seguinte forma: Se a sua demissão ocorreu 30 dias antes do dissidio a empresa tem que pagar um salário a titulo de indenização; mas, se o seu avio prévio for indenizado ou trabalhado e esse ultrapassar para o mês da data base acabamos entrando na mesma situação da qual eu já citei onde haverá diferença de todas as verbas rescisórias, quando a empresa tomar ciência sobre o reajuste ( documento fornecido pelo sindicato), é só reajustar o seu salário, inclusive na ctps, bem como diferenças de todas as verbas rescisórias.