Empregado afastado em folha

Fazemos a contabilidade de uma empresa e a nova responsável pelo RH nos enviou um e-mail informado a data da perícia para retorno de um empregado (05/03/2020),acontece que não foi informado ao escritório o acidente de trabalho deste empregado, muito menos o afastamento.
A empresa faz o laçamentos dos eventos em nosso sistema e nós fazemos o fechamento, em seguida enviamos para conferencia e apos o retorno  prosseguimos com os tributos. Nesse caso o empregado foi mantido em folha desde seu afastamento (10/2019). Como proceder?

Boa tarde. Nesse caso terá que retificar todas as folhas (durante o afastamento), logicamente que irá gerar credito de INSS, nesse caso poderá compensar, agora com relação ao FGTS, se for acidente de trabalho, não se preocupe já depositou, agora se for doença não relacionada ao trabalho, caberá a empresa pedir o reembolso junto a CEF, particularmente não vale a pena, e mais fácil convocar o empregado, explicar a situação e compensar os valores recolhidos indevidamente nos próximos recolhimento deste empregado, ok..