FGTS em atraso/Documentos perdidos.

Olá, gostaria de tirar uma dúvida com vocês. O meu empregador tem alguns (muitos) FGTS  em aberto de pessoas mais antigas. Ele costuma pagar na rescisão esses valores em aberto. Após o falecimento de um funcionário, eu fui apurar os valores em aberto e constatei que tem FGTS do mesmo desde 1999 em aberto, ai que entra o problema. Com diversas mudanças do local do escritório e de sistema terminou que algumas folhas/relação de SEFIP se perderam e não temos os dados dos vários funcionários nesse período de tempo. Como eu faço agora com o reenvio da SEFIP? Não posso enviar sem esses funcionários, certo?