Boa tarde
Utilize o certificado digital da empresa e entre no conectividade social em um movimento comum tipo pegar o extrato do FGTS do funcionário, no menu de opções vá em contas com inconsistências e solicite o relatório.
Talvez vc não conseguiu visualizar o extrato dele, ok.
Se no relatório, no dia seguinte em sua cx de entrada, estiver o nome dele informando que o CPF dele não está constando no cadastro, e nas SEFIP's voce tem transmitido corretamente, é ele quem tem que ir até a agencia da Caixa para completar ele mesmo o cadastro.
Qualquer problema que tenha a conta dele junto a empresa é neste relatório que aparecerá.
Não adianta ele informar isso, você tem que ter base para isso e neste caso é o vínculo empresa/CEF via certificado digital.