Sefip com lançamento de NFe de produtor rural

Bom dia.
Tenho algumas nfe de produtos que a empresa comprou de produtor rural, lanço o valor das retençoes na sefip, ou o valor total das nfe's?

A alíquota do Fundo Rural incide sobre a receita bruta resultante da comercialização de um produto. 

Deve lançar o valor da nota, e o valor que o sistema calcular deve ser igual a retenção.

O sistema que voce diz é a Sefip? mas e se ela estiver calculando o valor total da GPS diferente do que foi retido.?