Pagamento de Salário - Pagador VS Empregador

Prezados,
Estou com o seguinte cenário: Somos Matriz e três filiais, nas quais temos os empregados registrados conforme o posto de trabalho que ocupam, no entanto o pagador do salário não condiz ao empregador registrado na CTPS. Quais os Reflexos no caso do pagador não ser o empregador?
No cenário acima temos a Matriz realizando o pagamento de todo o quadro funcional, não havendo qualquer provento por parte das filiais/empregadores.
Devo me preocupar?
Grato

Prática normal.