Declaração de hora médica.

Olá, 
Na empresa que meu esposo trabalha,estão  pedindo que os funcionários que levarem a declaração de horas médica, faça hora extra naquele dia ,essas horas devem ser pagas ou não devido terem horas abonadas naquele dia?

A CLT não prevê declaração de comparecimento como forma para abonar ausência ao serviço. Declaração não é atestado médico. 
Então vai de cada empresa abonar as horas faltas ou não.
Pelo visto a empresa em que seu marido trabalha não abona as horas do medico.
E pelo o que deu a entender pedem para "fazer hora extra" como forma de compensar as horas negativas que esteve no medico, caso o empregado não compense as horas negativas com extra, então é descontado dele.