ESOCIAL AFASTAMENTOS

Boa tarde!
Gostaria de ajuda sobre uma questão. Funcionário está afastado pelo INSS, remarcamos uma nova pericia antes de terminar o auxilio vigente, pois ele não tem condições de voltar ainda. O referido período de concessão do beneficio terminou em 01/08, a perícia foi marcada pra 03/09. O problema é que ele não pegou o atestado desse período em que estava aguardando a nova pericia e eu como nunca tinha feito afastamentos desse tipo, também não solicitei, passou batido e agora no calculo da folha que fomos perceber. Será que existe alguma maneira de desfazer essa situação ?  Se ele conseguisse o atestado, eu posso lançar?  O  e-social aceitaria, já que acredito ter perdido o prazo pra envio desse tipo de afastamento ? Isso pode impactar no resultado da pericia ? 
Se alguém puder me ajudar agradeço!

Bom dia Elediane

É só uma opinião mas aconteceu comigo algo parecido onde o empregado foi ao posto de saúde pegar outro atestado e ficou um furo de dois dias na folha pois o mesmo não foi no dia que orientei, como ele não havia trabalhado esses dias em questão, lançamos como falta e a folha permaneceu zerada. Em seu lugar, como seria praticamente o mês inteiro, conversaria com o dono da empresa e com o empregado assim como consultaria o jurídico da empresa para tomar uma decisão que não prejudique ninguém.

Bom Dia Davison. Obrigada por responder!
Então, também pensei nessa possibilidade, até fiz uma simulação, porém, se eu colocar esse dias como falta, não irá incidir a contribuição do FGTS, então ele sairia prejudicado. Mas de qualquer forma, agradeço a disposição!