FGTS MATRIZ E FILIAL - CENTRALIZADA E CENTRALIZADORA EM ATRASO

Bom dia Colegas
Estou recalculando um FGTS da Filial, contudo a transmissão do arquivo SEFIP foi feita com matriz e filial informando centralizadora e centralizada. 
No caso geram GRF separadas , mas somente a Filial não recolheu 
Minha duvida é como transmitir o recalculo pois se eu coloco na matriz que a modalidade é confirmação, pois a guia foi paga, dá inconsistência pois não aceita em modalidades diferentes.
E se eu transmitir somente a da Filial será que sobrepõe?
Alguém  já teve essa experiência, sabe como resolver?

Fico muito grata!

Bom dia!

Gere somente da Filial mesmo, não irá interferir na declaração original da Matriz.