Isabela, que bom que esse forum serve para que troquemos ideias e cheguemos a uma conclusão.
Sabemos que o pagamento é reconhecido pelo INSS após o 16º dia do afastamento.
Então Isabela se você informar que o afastamento é no 16º você estará prejudicando o funcionario no seu processo de Auxilio Doença, porque ele chegará no INSS o sistema vai estar acusando que ele ainda tem que esperar 15 dias para dar entrada.
O Certo é seguir o documento que você tem em mãos ou seja o ATESTO MÉDICO, onde o médico diz: declaro que fulano deverá afastar de suas atividades em data tal, essa data que consta no Atestado é a data que servirá para compor o histórico do trabalhador, e para ser mais exato, se você reparar no campo so SEFIP a data que ele lhe pede para informar, é a imediatamente anterior ao afastamento, ou seja se o atestado diz que o empregado deve afastar a partir do dia 2, no sefip você colaca dia 1, simule um afastamento para você ver.
Trabalho com departamento Pessoal a um longo tempo e esse sempre foi o meu procedimento e nunca deu errado.
Quanto aos programas da folha, todos estão configurados para atender a legislação, portanto, nenhum trabalha diferentemente um do outro.
Não confundemos data de afastamento, com data de inicio do pagamento pelo INSS.
Veja esse site http://www.lgncontabil.com.br/tabelas/FGTS-Movimentacao_GRF.pdf
Abraços.