Acordo de compensação de horas

Empresa teve ex funcionário  que entrou com representação trabalhista reivindicando horas extras e teve ganho de causa sendo que o processo se baseou na 8a hora.  O horário da empresa é  das 8 às 18 com 1:12 de almoço.  Não há  acordo de compensação  formalizado. Acredito que este horário seja permitido e obedece o art 59 da CLT mas deveria ser formalizado por acordo. A empresa dejesa manter o horário. Seria possível? Formalizando através de acordo de compensação? O acordo deve ser homologado no MTE?  A advogada insiste que deve ser homologado mas não vejo como seria possível homologar cada acordo individual.
No sindicato descartamos pois funcionário  não são associados.