Infelizmente as divergencias do Crédito do Trabalhador ainda ão são tratadas pelo FGTS Digital. Para a correção, a ideia seria entrar em contato com a Operadora do Credito que deveria ter recebido o valor, e seguir as orientações dada por eles, que acredito que seja o pagamento de um novo boleto, o qual, os juros devem ser arcados pela empresa.
Artigo 28 da Portaria 435:
§2º Caso o empregador não efetue a retenção de parcela de crédito consignado ou não efetue o recolhimento dos valores retidos até a data de vencimento, estará sujeito às penalidades administrativas, civis e penais aplicáveis.
§3º Na hipótese de inadimplência ou quaisquer outras irregularidades no processo de quitação das parcelas de crédito consignado retidas, deverá o empregador acionar os canais de atendimento das instituições consignatárias para a devida regularização, inclusive com a responsabilidade pelos recolhimentos de juros e encargos devidos pelo atraso.
Você deve salvar a orietação prestada pela financeira. Sobre o valor pago, ainda não há como identificar para onde o valor vai quando os códigos são divergentes.