baixa E social com modalidade pendente (processo trabalhista)

Ola! Boa tarde!
Estou com um processo trabalhista, onde a funcionaria entrou com o processo ainda trabalhando. 
O Juiz solicitou dar a baixa na carteira ja que a funcionaria nao quer mais ir trabalhar, pore,  solicitou deixar como modalidade pendente, pois, as verbas serão pagas em juizo.
Como devo proceder? 
Faco como pedido de demissao e deixo tudo zerado?
alguem ja passou por isso?
att

Isso não se trata de uma rescisão indireta?
É para estar descrito na homologação de sentença todas as modalidades do processo.
Sem as informação concretizadas no processo, fica difícil gerar o processo no eSocial, o jurídico da empresa precisa se atentar na parte prática do processo também.

Por exemplo, como ficará os recolhimentos de FGTS?
Pedido de demissão no processo trabalhista com pagamento em juízo? Estranho, no mínimo.