Recolhimento FGTS Processo Trabalhista

Fiz um processo trabalhista com recolhimento somente de FGTS do periodo de 2016 a 2020 pela SEFIP no cód. 660, informei a base de cálculo conforme determinado no processo, porém, o valor do depósito está dando menor do que o valor apurado pelo perito, na planilha do perito tem correções que na SEFIP não aparece, com isso deu diferença no valor do perito com o valor recolhido pela empresa, como faço para a empresa recolher essa diferença de correção?

A forma de cálculo do perito é diferente do que irá puxar na SEFIP.
Na SEFIP você irá colocar o valor que o perito solicitou para depósito:

Perito colocou que em 01/2016 o valor de depósito será: 64,00
Você preenche o valor de 800 que a sefip irá puxar os 8%.

Mas no caso, não poderá dar problema futuro com a fiscalização do trabalho? Porque eu vou estar aumentando a base de cálculo do FGTS ?

Se der fiscalização futuro, a empresa se defende dizendo que é a única alternativa operacional para efetuar a guia de FGTS por meio da SEFIP, visto que não é possível depósito judicial.
Caso não se sinta segura em fazer dessa forma, busque auxílio ao jurídico responsável para que ele solicite ao perito uma nova planilha de cálculo baseada no JAM da SEFIP.