boa noite, dalvani
neste caso faça uma gfip, com o código 660, só com esta empregada, onde houve a conversão do auxílio doença, em acidente de trabalho, com este código vc vai mensalmente a partir da conversão, recolher fgts, aqui não há desconto de inss, portando uma gfip para cada mês, com o valor da remuneração que serve de base de calculo dela na empresa, sua remuneração, mas somente das verbas com incidência de FGTS. feito isto vc estará recolhendo o fgts de sua empregada, e não precisa retificar as outras gfips, apenas se esta empregada, estiver lá, pois esta gfip com o codigo 660, não substituirá as outras, porque nem tem a mesma chave, ou seja, pois um dos campos da chave é o codigo de recolhimento.
um abraço