Intrajornada x Hora Extra

Boa tarde! Se o empregado teve hora extra de 00:12 minutos no início e/ou no fim do expediente e não parou pro descanso da intrajornada, como é pago a hora extra, soma todos os períodos incluindo esse da intrajornada? Ou o pagamento é separado, intrajornada na verba indenizatória 50%, e o que teve de extra fica somente na soma das extras não inclui esse da intrajornada?

Desde já grata.
At.te,

Vamos lá, 
A apuração deve ser feita em separado. Não se mistura a hora extra decorrente da prorrogação da jornada com a parcela devida pela supressão, ainda que parcial, do intervalo intrajornada.

1) Horas extras pela jornada efetivamente trabalhada
São as horas que excederem a jornada contratual ou legal (por exemplo, além de 8 horas diárias ou 44 semanais, conforme o caso).
Nesse cálculo, entram os 12 minutos antes do início e/ou após o término da jornada, desde que ultrapassada a tolerância legal do art. 58, §1º, da CLT.
Ultrapassada a tolerância, considera-se como tempo à disposição todo o período excedente.

2) Intervalo intrajornada não concedido ou concedido parcialmente
A não concessão ou a concessão parcial do intervalo gera o pagamento apenas do período suprimido, com acréscimo de 50%, nos termos do art. 71, §4º, da CLT.
Essa parcela possui natureza indenizatória.
Exemplo:
Jornada contratual: 08h às 17h, com 1h de intervalo.
Empregado trabalhou das 07h48 às 17h12.
Não usufruiu o intervalo de 1h.
Neste caso:
Horas extras de jornada: 24 minutos (12 min antes + 12 min depois).Intervalo intrajornada suprimido: 1 hora, paga com adicional de 50%, em verba indenizatória.Portanto:
Os 24 minutos são pagos como horas extras normais.
A 1 hora do intervalo é paga separadamente, como verba indenizatória.
Não se soma o período do intrajornada às horas extras comuns, para evitar pagamento em duplicidade.Se a supressão do intervalo for parcial, paga-se apenas o tempo efetivamente suprimido, também com adicional de 50%.

Essa é a interpretação consolidada após a Reforma Trabalhista (Lei nº 13.467/2017), que alterou a natureza jurídica dessa parcela.

Laercio 
Muitissimo obrigada pela explicação!!!