Flavia, contando do dia 25/Março até 24/Junho totalizam 92 dias. Se vc for fazer o registro retroativo o término do contrato terá de ser antes do dia 24, isto é, o término dos 90 dias de experiência seria dia 22/Junho.
Para regularizar a situação com esse remendo a funcionária deverá estar de acordo, caso contrário ela já ganha estabilidade.
Estranho sua colocação quando diz "...e se afastou no dia 24/06/2011,". Por acaso esse afastamento foi em virtude da licença maternidade que a própria providenciou junto ao INSS? É importante entendermos como se deu esse afastamento, pois pode mudar tudo.
Para os cálculos de um término de contrato nas base fornecidas por vc, ficou faltando entender esses dias de pagamento (dia 25) e o tipo de contratação que foi combinado com ela (por acaso é comissionista? a remuneração é fixa ou variável?).
Em linhas gerais, num esboço, com base em salário mensal de R$2.500,00 , as verbas rescisórias seriam :
(A) VERBAS
Saldo de Salário Junho: R$1.500,00
Férias Proporc. 3/12 ávos: R$625,00
Adic. 1/3 s. Férias Proporc.: R$208,33
13º Proporc. 3/12 ávos : R$625,00
Total (A) = R$2.958,33
(B) Recolhimentos FGTS (8%) (devidos de Março à Junho): R$533,44
TOTAL (A + B) = R$3.491,77
Relendo seu último post tive a impressão de que ela foi "convidada" a sair do emprego. Isso é um risco muito grande, pois mesmo se a indenizar (conforme meus cálculos acima) nada impede que ela vá à justiça pedir o reconhecimento do vínculo e a reintegração no emprego, se a empresa não a reintegrar (o que vai gerar a estabilidade pois ultrapassou os 90 dias e a empresa teve a oportunidade de colocá-la em experiência, e em caso de reconhecimento de vínculo este se faz como efetivo), terá de indenizá-la pelo tempo que duraria sua estabilidade (meses da gestação + 4 meses).
Como foi sugerido pelos colegas, a feitura do registro retroativo combinado com pedido de demissão (somente o trabalhador pode optar por desistir da estabilidade) possa salvar a situação, apenas tome cuidado com o posicionamento do sindicato, ele pode condicionar que haja homologação nesse tipo de rescisão mesmo com menos de 1 ano, verifique a CCT.
Espero ter ajudado, boa sorte!!!