Hugo, o fato deste empregado já ter trabalhado antes com vínculo empregatício, tendo sido realizados os recolhimentos previdneciários que o tornaria um segurado perante o INSS, não tem por sí realação com a continuação ou não do contrato de experiência.
Estando ainda o empregado em contrato a prazo determinado à titulo de experiência não lhe concede expectativa de efetivação, com isso a duração e, principalmente, o tipo da licença pode interferir na fruição do tempo do contrato.
Minha sugestão é:
1º ) Averigue a origem e validade deste atestado de 120 DIAS, é muita coisa para um problema de saúde simples. Aliás, vc pode pedir a confirmação do atestado solicitando ao órgão de saúde que o emitiu através de um processo administrativo, que vai lhe confirmar se o atestado de fato foi emitido por eles, em que data, para quem (trabalhador), por quem (médico), qual a CID, por qual prazo e em quais condições. Sugiro isso por já ter surpreendido diversos atestados que não estavam regulares, alguns até falsos.
2º ) Uma vez verificada a validade do dito atestado, confirmar a condição de segurado deste empregado.
3º) Caso a licença seja por motivo de doença, consulte o jurídico do Sindicato dos Empregados (e do Patronal tmb!!) da sua categoria para saber qual o entendimento que eles dão a esta situação, se o contrato fica suspenso enquanto durar a licença doença ou se vc poderá dar por encerrado quando alcançar o fim do prazo determinado.
Minha 3ª sugestão (em caso de licença doença) se motiva em virtude de haver o entendimento que não coexistem os instituitos da estabilidade com do contrato a prazo determinado, mas convém checar com o Sindicato se deverá esse entendimento prevalecer. Sendo positivo, vc poderá comunicar ao empregado que estando para terminar o prazo previsto da experiência o mesmo não será efetivado, ficando a disposição dele as verbas decorrentes pelo término do contrato. Mas vc deverá de fato cumprir os ritos normais de um fim de contrato, inclusive depositando o dinheiro da rescisão dentro do prazo legal.
Contudo, se o motivo da licença for por acidente de trabalho, existe o entendimento que, devido a responsabilidade do empregador, ocorre a estabilidade provisória ao acidentado mesmo que durante contrato de experiência, com isso, vc deverá suspender o contrato, parar a fruição do prazo e somente ao fim da licença acidente retornar a contagem do prazo. Isso deve ser formalizado para que se evite a efetivação.
Boa sorte!!