Prezada Luiza,
Em si tratando de contrato de trabalho, a questão de ser considerado má fé pela fiscalização da DRT, é que infelizmente no Brasil existem empresas que tentam burlar a lei, não é o caso da sua empresa, infelizmente o contrato de trabalho tem que ser cumprido tanto da parte da empresa como do empregado, mas eu não vejo problemas a empresa fazendo um termo aditivo de contrato informando tal situação, agora tem um detalhe, sem o termo aditivo e no futuro o funcionário por algum motivo começar a sair cedo sem dá satisfação ou coisa parecida a empresa fica complicada pra descontar por que como já existe a pratica e a empresa nunca descontou, a empresa poderá cair nas graças do Art. 468 da CLT, que trata do contrato individual de trabalho. Ou seja, na tentativa de beneficiar um funcionário, poderá ter problemas mais pra frente.
Att.
Fábio.