Débora, acho que vc tem 3 problemões.
1º - É a empresa ter pago salário para quem estava licenciado.
2º - O estranho é, mesmo pagando o salário indevidamente, deixou de pagar o que na verdade tinha obrigação de fazer que era o FGTS e o INSS.
3º - Tendo sido promulgada a aposentadoria temporária por invalidez o contrato de trabalho está automaticamente suspenso, sem precisar qualquer formalização ou outra declaração. Com isso, deixa de produzir efeitos jurídicos, ele permanece válido mas incapaz de produzir qualquer efeito com Férias ou Rescisão.
A solução destes problemas:
1º - Negociar com o empregado a devolução dos salários pagos indevidamente alegando que, se ele não produziu, não existe a contraprestação devida que é o salário, representa locupletar-se aproveitando-se do erro alheio.
2º - Recolher o que deixou de recolher dentro do prazo, arcando com os juros e moras cabíveis.
3º - Aguardar a última decisão do INSS: ou suspende a aposentadoria declarando o empregado recuperado e, portanto, ápto para retornar ao trabalho (que ele deverá fazer sob pena de se decretar abandono de emprego); ou o INSS transforma essa aposentadoria temporária em definitiva em virtude da impossiblidade de recuperação da saúde do trabalhador e da incapacidade de readaptá-lo em outra função. Isso pode levar tempo, de 2 até 10 anos!!
Boa sorte!!!