Monica, peço que verifique com o Sindicato pois esta categoria é diferenciada, tem piso próprio com CCT própria. Se vc retroagir a anotação e houver diferença salarial, será gerado passivo trabalhista.
Mesmo que não haja diferença de salário as informações postas na SEFIP, RAIS e CAGED ficarão divergentes nas anotações na CTPS e Livro de Registro, o que poderá figurar fraude (lembrando que toda os registro em DP são fiscais!!!!).
Numa rescisão vai dar muitos problemas ao empregado e com isso será cobrado da empresa toda essa irregularidade, o que dará ao empregado perfeita munição para ação trabalhista por desvio de função - foi contrata para uma função mas exercia outra.
Independente de vc fazer essa anotação retroagindo ou não, esse empregado poderá pleitear seus direitos (pior ainda se houver diferenças salarias!!) a qualquer tempo requerendo a correção da função exercida e de eventuais indenização.
Aconselho que se faça a atualização de todos os registros, é melhor se antecipar aos fatos do que deixar-se entrar na boca do leão.