Lindsey, passado o prazo inicial de experiência o contrato se torna por prazo indeterminado, pois a renovação deve se dar ainda dentro do período pactuado (45 dias) de experiência, ou em seu último dia. A sua funcionária não é obrigada a assinar tal aditiivo contratual (a prorrogação) pois ela já está efetivada.
É importante salientar que NÃO existe clásula automárica de renovação, se assim fosse o contrato passaria a ser, automaticamente, de 90 dias, não permitindo ao empregador dispensar o empregado quando ao fim da 1ª parte da experiência. O termo amplamente usado nas anotações de CTPS como tmb em contrato formal, onde diz "este contrato poderá ser renovado por mais...dias" é mera menção de que o dito instrumento é passível de renovação, não fixa sua renovação.
Este princípio está em nosso Código Civil, um contrato não pode ter validade retroativa a sua data, nem ter validade posterior se ela depende da expressa vontade das partes envolvidas e, relembrando, que a justiça trabalhista não reconhece alteração (renovação é uma alteração de data do fim do prazo!) unilateral do contrato. Portanto, não basta ao empregador querer renová-lo.
Assim, Lindsey, na pior das hipóteses sua empregada terá de expressar a concordância dela em renovar o já vencido prazo de validade do contrato de experiencia.
Destaco isso para lembrar aos amigos de que a justiça, em sua maioria, mantêm o entendimento de que a renovação somente pode acontecer se assinada em data posterior ao início do contrato (todos os julgados desta matéria tem a mesma sentença), caso contrário, é aquilo que mencionei, a experiência passaria a ser de 90 e não de 45 dias. Esse detalhe é super importante para aqueles que não desejam gerar passivos trabalhistas de forma tão pueril e tão arriscada.
Espero ter contribuido.