Silmara, na hora de voce informar a sefip voce tambem esqueceu de informar o percentual do FAP?? porque pergunto isso, voce devera primeiro regularizar a sefip para que na hora do calculo do inss realmente devido, nao haja informaçoes diferentes do pagamento.
caso ja tenha feito e voce de posse da diferença exemplo R$ 10,00 sem juros nem multa faça uma guia complementar da seguinte forma:
como o FAP fica agregado a calculos que irao no codigo 6 da gps, voce ira usar o codigo da gps normal da sua empresa e como falei coloque a diferença no campo 6 e faça o calculo dos juros e multa.
nao esqueça para que o inss entenda que é complemento é o mesmo mes de competencia e o mesmo codigo da gps normalmente
espero ter ajudado.