Olá Alexandre.
Bem, se eh possível emitir CND por obra eu nao sei te informar. Agora, o que eu sei, é que quando da consulta das regularidades previdenciárias, não eh para aparecerem todas as obras, e sim a mensagem, NÃO HÁ RESTRIÇÕES PARA A EMISSÃO DE CND.
Quanto ao que o amigo acima falou, ele tem razão. Por vários motivos é necessário o comparecimento à CAC para resolver esse tipo de problema. Hoje mesmo aconteceu comigo um destes. Dia 01.10.12 consultei as regularidades previdenciárias de uma construtora que tbm trabalha com empreitada total. Resultado: havia a pendência da emissão de GFIP e recolhimento de GPS no CNPJ e apenas uma GFIP sem movimento em um dos CEI. Fiz tudo no mesmo dia. Como 16 dias havia se passado e nada de CND, resolvemos ir a RFB terça-feira, antes de ontem, o servidor informou que somente com dez dias a contar da nova solicitação de CND, o sistema poderia ser desbloqueado. Hoje, fomos a outra unidade da RFB e recebemos a CND do CNPJ às 10:00 am, mas ACREDITE SE QUISER: até agora, as mesmas pendências do dia 01.10.12 continuam no sistema. Vai entender, né?
Quer um conselho? Vá a uma unidade da RFB. Demora, é meio chato, mas quem sabe se esse pequeno problema para a emissão da CND é apenas a ponta do iceberg na frente do seu caminho. (nossa que fim trágico)
Vlw.