Talita, pelo que entendi até o momento, você pode fazer das duas formas. O EmpregadorWEB está sendo usado (opcionalmente) já faz um tempo (mais de 1 ano), agora ele está se tornando obrigatório.
Aproveitando, vi perguntas sobre o tema abaixo (campos meses trabalhados e e soma dos salários em branco) e está lá na cartilha, página 24, a resposta:
47. Na geração e impressão do formulário de Seguro-Desemprego com uso do aplicativo
EMPREGADORWEB, o campo “soma dos três últimos salários” e o campo “meses
trabalhados” ficaram em branco. O que devo fazer?
Na geração e impressão do formulário de Seguro-Desemprego com uso do
aplicativo EMPREGADORWEB os referidos campos deverão ficar em branco. Esse preenchimento
será efetuado pelo agente de Seguro-Desemprego, no momento da habilitação do trabalhador em
uma unidade de atendimento do MTE ou do SINE, no momento em que efetuar a ativação e
validação das informações geradas pelo empregador.
Pessoal, vamos ler a cartilha e manual! =D