Olá Vanessa, boa tarde!
Se o empregado se negar a fazer o exame, faça um termo de responsabilidade ao qual o empregado deverá dar ciência de que mesmo a empresa fornecendo todos os meios (financeiros) para realização do exame demissional, ele por vontade própria opta por não faze-lô, isentando neste ato a empresa de quaisquer responsabilidade, prejuízos, punição ou reivindicações futuras que a ausência do atestado possa causar.
Se o empregado não assinar. Peça para que duas testemunhas assinem, confirmando a negativa do empregado.
A ausência do atestado só acarretará problemas para a empresa caso se comprove a inércia da mesma. Por isso, caso deseje se resguardar ainda mais, no ato do aviso prévio, comunique também o local em que o empregado deverá fazer o exame demissional, bem como que os custos do exame serão pagos pela empresa.
Se quiser ainda ser mais rigorosa, faça uma anotação na TRCT informando que o empregado se recusou por vontade própria a fazer o exame demissional. E DEIXE O CARA SE VIRAR!
Abs.