Vê-se que não existe um padrão para baixa entre os Municípios e Estados.
No caso, aqui no Paraná sequencia de baixa é a seguinte:
01- Solicitar baixa do Alvará da Prefeitura; Inscrição Estadual, INSS.
02- Com as certidões de baixas destes orgãos, para registrar o Distrato Social na Junta Comercial, ou, Cartório de Registro de Documentos, e preciso também a Certidão de Baixa da Receita Federal (CNPJ). Aqui a Receita Federal, tem aceitado a baixa, com a minuta do Distrato Social devidamente assinada pelos sócios, e, após ter a Certidão de Baixa do CNPJ, Cadastro de ICMS, Alvará da Prefeitura e INSS, o Distrato é registrado na Junta Comercial.
Antes existia o desencontro entre a Receita Federal e a Junta Comercial. Para a Receita Federal aceitar a baixa, deveria ter o Distrato Registrado, e, para registrar o Distrato, deveria ter a Certidão de Baixa da Receita Federal.