Prezado Vitor,
A lógica manda que haverá ITBI também nesta hora, não se tratando no caso de uma duplicidade. A entidade SPE que deve ser constituída por parceiros como ocorre normalmente, pagará ITBI na aquisição da área dos lotes ou concernente a eles, e se sobrarem lotes não vendidos no final a serem adquiridos pelos sócios, estes o farão em seus nomes de Pessoas Físicas, e terão que pagar o ITBI neste novo ato jurídico, pensando em compra dos mesmos.
Esta questão pode ser um pouco complexa, uma vez que a forma de aquisição poderia ser outra que não uma simples compra, por exemplo, transferência, que tem as suas implicâncias. em relação a atividade plena da empresa, ou atividade em fase de encerramento. Em se tratando de SPE que se presta a fim específico, construção e venda de um empreendimento, para ser extinta depois, atentar para o item 5 abaixo que poderá ser a melhor alternativa.
E com o intuito de dar uma visão geral, veja o que diz a Secretaria Municipal da Fazenda - PMSP:
Imposto sobre Transmissão de Bens Imóveis (ITBI)
Não-incidência
O imposto não incide sobre a transmissão de bens ou direitos:
1) decorrente de mandato em causa própria, quando outorgado para o mandatário receber a escritura definitiva do imóvel;
2) quando o bem ou direito voltar ao domínio do antigo proprietário, por força de retrovenda, de retrocessão ou pacto de melhor comprador;
3) incorporados ao patrimônio de pessoa jurídica em realização de capital;
4) aos mesmos alienantes, em decorrência de sua desincorporação do patrimônio da pessoas jurídica a que foram conferidos;
5) decorrentes de fusão, incorporação, cisão ou extinção da pessoa jurídica;
6) sobre a constituição e a resolução da propriedade fiduciária de bem imóvel, prevista na Lei Federal 9.514/1997.
Nas hipóteses 3, 4 e 5 haverá a incidência do imposto se o adquirente tiver como atividade preponderante a compra e venda de imóveis ou de direitos a eles relativos, a sua locação ou arrendamento mercantil.
Espero ter ajudado e vale a pena consultar um advogado da área imobiliária, de repente.
Att.
SC