Cheila Silva, bom dia.
É um prazer ajudar e fazer você chegar no seu objetivo.
Você precisa ter em mente que cada processo é um custo, tem item que você pode fazer no mesmo processo. Outros você precisa receber a autoridade para depois tomar a ação.
Farei o comentário por cada ideia que você pontuou para ficar melhor na compreensão:
(i) Transformação para EIRELI: Nesse caso você teria que fazer dois processos separados. Um de transformação (duas taxas) e pois de alteração do sócio, uma vez que terá contrato social (uma taxa).
(ii)Transformar em LTDA: É o mesmo caso acima (duas taxa), porém, na saída do Pai você terá que optar por ser unipessoal (condição nova pela MP 881) (uma taxa) ou transformar novamente, eu EIRELI (uma taxa, pois terá o contrato social) ou empresário (duas taxas). Mesma coisa, dois processo, em transformação são dois processo em um, então, salvo são duas taxas na junta em um processo.
Obs.: (i) Taxa de transformação, pelo menos no RJ, é a mais cara, 500 e pouco. (ii) verificar condições de mudança do alvará também.
O que eu indicaria é o que dá menos trabalho e chegue no objetivo logo, pois ficar olhando processo, juntando processo, abrindo processo num é legal, e fora que você se livra o quanto antes.
Espero ter ajudado.