Primeiramente é importante entender a operação, pelas linhas da sua dúvida entendo que a empresa B se tornou um investimento da A, resultando em questões de participação societária com reflexos pela equivalência patrimonial.
Considerando ser este o caso, não vejo impedimentos de ocorrer um processo de incorporação entre as mesmas.
Veja o que diz o Código Civil.
Art. 1.116. Na incorporação, uma ou várias sociedades são absorvidas por outra, que lhes sucede em todos os direitos e obrigações, devendo todas aprová-la, na forma estabelecida para os respectivos tipos.
Art. 1.117. A deliberação dos sócios da sociedade incorporada deverá aprovar as bases da operação e o projeto de reforma do ato constitutivo.
Como o processo envolve a absorção de bens e direitos, entendo que deverá baixar a participação do investimento antes de realizar o evento especial, pois não vejo na lei previsão para "eu investir em mim mesmo".