Boa noite Joseany,
Como autônoma, ao prestar serviços para Pessoa Jurídica, estará sujeita a retenção de 11% dos seus Honorários a título de Contribuição Previdenciária e a contratante, caso não seja optante pelo Simples nacional, ainda deverá recolher o percentual de 20% a título de Contribuição Previdenciária Patronal. Quanto ao recolhimento do ISS o correto é que você tenha Inscrição Municipal como autônomo e faça o recolhimento do ISS conforme normativa municipal (a maioria dos municípios trabalha atualmente com ISS em valor fixo para recolhimento por Pessoa Física).
É possível também constituir uma sociedade limitada unipessoal e prestar serviços como PJ, inclusive optando pelo Simples Nacional.
Contudo, em sua postagem você comenta que já é funcionária na área contábil. É em algum escritório contábil? Se for te recomendo atentar para o que diz a CLT:
“Art. 482 – Constituem justa causa para rescisão do contrato de trabalho pelo empregador”:
“c) negociação habitual por conta própria ou alheia sem permissão do empregador, e quando constituir ato de concorrência à empresa para a qual trabalha o empregado, ou for prejudicial ao serviço”.
De qualquer forma é necessário que você pese os prós e os contras das duas opções e tome a decisão que melhor supra suas necessidades atuais.
Eu não abriria uma PJ para atender a apenas um cliente, mas cada um é cada um .