Alyne,
Para baixar Filial não precisa anexar as Certidões - acredito que esteja se referindo às CNDs - pois só são necessárias para baixa da sede, mas, gostaria que explicasse
enho um empresa (empresário individual) que abriu uma filial e precisa fecha la para que saia a certidão para poder baixar a matriz.
Não seria mais prático - até em termos de taxas - baixar a matriz? Automaticamente, todas as Filiais - pelo menos as situadas no mesmo Estado - seriam baixadas, pelo simples fato de que não existem Filiais sem que a matriz exista também.
Não sei como é a tramitação aí na Junta do seu Estado - sincronizada c/as outras repartições? Aqui em Alagoas ainda é o famigerado passo à passo e pode ser que, de algum modo, isso altere os procedimentos, mas, já vi muitos casos de empresas que possuíam estabelecimentos Filiais e, na hora da baixa, entraram na Junta c/um único processo: a extinção do estabelecimento sede.
Informe-se antes na Junta. De repente é como aqui e vc tá perdendo tempo e dinheiro.
Recomendações.