Olá Nilson Lima!
O registro do empresário rural é opcional, nos termos do artigo 971 CC (o empresário, cuja atividade rural constitua sua principal profissão, pode, observadas as formalidades de que tratam o artigo 968 e seus parágrafos, requerer inscrição no Registro Público de Empresas Mercantis – RPEM da respectiva sede, caso em que, depois de inscrito, ficará equiparado, para todos os efeitos, ao empresário sujeito a registro).
Se for exercer sua atividade como pessoa física, deverá obter a inscrição no CEI - Cadastro Específico do Inss.
Caso for exercer sua atividade como empresário individual, deverá registrar-se na Junta Comercial podendo ainda, optar em ser um empresário individual com responsabilidade limitada (eirei), desde que o capital inicial não seja inferior a R$ 62.200,00 . Após este registro deverá obter o sua inscrição na Receita Federal (cnpj), Inscrição Sefaz (Estadual), Prefeitura, Inss e Sindicato.
Se outros colegas puderem complementar ou corrigir esta informação, fiquem a vontade. O fórum agradece.
Espero ter ajudado.