Entrada de Nota fiscal - Devolução

Boa tarde,

Estou com uma duvida, uma nota fiscal de venda foi emitida em 2016, porem deveria ter sido cancelada no ato, so agora o cliente esta questionando sobre a existência dela, em consulta ao site da Nfe a mesma esta ativa, como proceder nessa situação? já que o prazo para devolução através de nota fiscal de entrada não esta mais valido?

Bom dia Antônia, segue informação :  
https://portal.fazenda.sp.gov.br/servicos/nfe/Paginas/cancelamentoextemp.aspx

Após o prazo de 480 horas da autorização de uso da NF-e, a NF-e pode ser cancelada somente com a aprovação do Posto Fiscal de vinculação. O pedido deve ser acompanhado da: 
1. Chave de acesso da NF-e a ser cancelada extemporaneamente;
2. Folha do livro Registro de Saídas e/ou Entradas, correspondente ao lançamento da operação ou prestação ou declaração de que faz  uso da EFD (Escrituração Fiscal Digital); 
3. Comprovação de que a operação não ocorreu: 
- Declaração firmada pelo representante legal do destinatário/remetente paulista da NF-e de que faz uso da Escrituração Fiscal Digital ou, não sendo este o caso, declaração firmada pelo representante legal do destinatário/remetente paulista da NF-e que não ocorreu a operação e de que não utilizou como crédito o valor do imposto registrado no documento fiscal;
ou
- Tratando-se de pedido que envolva estabelecimento situado em outra unidade da Federação, cópia de correspondência entregue pelo destinatário à repartição fiscal do seu domicílio, em que declare que não utilizou como crédito, ou que estornou, a quantia restituenda ou compensada.
4. Declaração firmada pelo representante legal e os motivos que impediram o cancelamento tempestivo da NF-e.