Magda Dias Vargas
Bronze DIVISÃO 4 , Contador(a)Olá diego Rafael.
Eu estava com o mesmo problema e, como você, tentei várias soluções, desde excluir as declarações e refazer novos arquivos até refazer tudo novamente em outra máquina. O erro "Certificado Digital (cnpj/cpf) incompatível com o CNPJ/CPF do responsável pela declaração." continuava a aparecer na hora de transmitir.
SOLUÇÃO: Peguei outro certificado usado pelo pessoal do faturamento para emitir E-NF e troquei de máquina. Refiz todo o processo novamente pela enésima vez e deu certo. Acabo de transmitir a RAIS 2014
Espero ter ajudado e que você também tenha outro certificado na sua empresa para pedir emprestado e poder transmitir a sua Rais.