Boa Tarde,
Oriento aos meus clientes que fazem uso do emissor gratuito fazerem backup toda semana.
Para importação para a nova versão, recomendo que faça uma exportação dos produtos, clientes e demais dados cadastrados, no arquivo ".txt", pois aí a nova versão fará a importação desses dados.
Referente as NFe que não serão importadas, recomendo que salve os XML, conforme legislação, e que quando estiver com a nova versão do sistema busque o arquivo no sistema da SEFAZ. Em Goiás, conseguimos importar os XML das NFe de saídas por meio do certificado digital.
Agora, caso não seja possível ainda assim, caso o medo seja de quebra de numeração, pode-se emitir uma nota, na numeração anterior e deixar apenas salva, pois quando gerar a próxima a sequencia continua.
Espero ter ajudado!