Boa tarde!
Primeiro de tudo, entre em contato com o sindicato da categoria e firme um acordo de que fará banco de horas (pra não ter problemas quando for homologar). Depois faça um documento padrão para que os funcionários assinem na admissão, cientes que o sistema de ponto adotado é de banco de horas. Analise a convenção coletiva da sua categoria (converse no sindicato quando for lá) e observe bem os dizeres na CLT.
No geral o banco de horas funciona assim, se o funcionário tem 'horas extras' entra como crédito no banco, e se o funcionário tem atrasos ou folgas, entra como débito, no final de um determinado período (no meu caso, de acordo com a CCT é a cada 4 meses) eu tenho que zerar esse banco, ou seja, se estiver positivo ao fim do quadrimestre eu tenho que pagar essas horas, se estiver negativo, eu perco (não pode descontar). Infelizmente é assim que funciona.
Mas no meio tempo você pode dar folgas para manter o banco sempre baixo ou então, se estiver negativo, pode solicitar que o funcionário fique um pouco a mais para compensar, enfim, a empresa que eu trabalho utiliza esse sistema e sempre deu muito certo, os funcionários gostam, pois com o banco de horas acabam emendando alguns feriados e tirando algumas folgas eventuais.
att,