Queridos, boa tarde.
O Emissor NFE 4.0.1 está funcionando aqui à todo vapor, inclusive com tudo que foi feito na versão 4.0. Passos:
01) Faça um backup da pasta "database", que fica em C:\
02) Baixe ou atualize o java para a última versão;
03) Aperte as teclas Windows + R. No executar, digite o comando notepad.exe %homepath%\AppData\LocalLow\Sun\Java\Deployment\security\exception.sites
04) No arquivo que abriu, cole os endereço abaixo:
http://emissores.sebrae.com.br
http://conteudo.sebrae.com.br
http://emissores.sebrae.com.br/nfe/v401/producao/emissornfe-4_0_1.jnlp
http://solucoes.sebraesp.com.br
05) Salve o arquivo.
06) Entre no site http://conteudo.sebrae.com.br/Sebrae/Portal%20Sebrae/UFs/SP/nfe/emissores.htm e baixe a versão de produção Emissor de Nota Fiscal Eletrônica - 4.0.1
07) Instale normalmente e após abrir, verifique o conteudo.. Emitente, Clientes, Produtos, Notas, etc...
Qualquer coisa de errado, você ainda possuirá o backup, a pasta "database" copiada.
À disposição.