Não, Alexandre. Não é permitido encurtar às férias coletivas de alguns funcionários quando outros ainda estejam gozando das mesmas férias coletivas.
A Lei não permite tais distinções, porque as férias são coletivas e não individuais. Na verdade "Férias Coletivas" é uma paralisação da empresa, ou de um ou mais setores que, por motivos diversos (sazonais, causais, etc) ficará(ão) inoperante(s) por um período de tempo. Com isso a Lei permite que os trabalhadores daquele(s) setor(es) sejam colocados em licença remunerada que, pra não onerar desnecessariamente a empresa, é convertida em férias, que são coletivas por alcançar todos os trabalhadores do(s) setor(es) paralisado.
Destaco que as férias coletivas não precisa envolver a empresa como um todo, pode acontecer para apenas 1 setor, ou vários setores (ou departamentos).
Diante disto, o trabalhador que ainda não computou tempo de serviço que corresponda aos dias de férias equivalente ao tempo de paralisação da empresa (as férias coletivas), não poderá sair prejudicado. Inclusive, se este mesmo trabalhador está lotado em setor que terá as atividades paralisadas, ele NÃO poderá ficar trabalhando. Lembre-se, que paralisa é a empresa(o setor), portanto, não poderá ter ninguém trabalhando se as atividades estão paralisadas.
Uma última coisa, Alexandre. É necessário um comunicado à DRT de sua região com cópia ao Sindicato, com antecedência de 15 dias, informando que a empresa irá paralisar (ou quais setores da empresa irão paralisar), indicando as datas de início e do fim desta paralisação. (Percebe que a empresa não informa "quem" estará de férias, já que não se trata do uso do direito individual, mas sim que a própria terá paralisação das atividades).
Espero ter ajudado.
Boas Festas!