Diego, boa tarde.
Pelo menos aqui no Rio de Janeiro a Sefaz tem o seguinte posicionamento:
O empreendedor individual enquadrado no SIMEI:
1) está dispensado de inscrição no Cadastro de Contribuintes do ICMS (inc. I do art. 2º da Resolução SEFAZ nº 223/09) (vide Obs. 1, 2 e 3);
2) está dispensado de escrituração fiscal (art. 7.º, § 1.º, da Resolução CGSN n.º 10/2007 e “caput” do art. 2º da Resolução SEFAZ nº 223/09);
3) está dispensado da emissão de documento fiscal (art. 7.º, § 2.º, inc. IV, da Resolução CGSN n.º 10/2007 e “caput” do art. 2º da Resolução SEFAZ nº 223/09):
3.1) nas operações com venda de mercadorias ou prestações de serviços para consumidor final pessoa física; e
3.2) nas operações com venda de mercadorias para pessoa jurídica, desde que o destinatário seja contribuinte do ICMS e emita nota fiscal na entrada da mercadoria, nos termos do art. 34, inc. VIII, do Livro VI, do Regulamento do ICMS aprovado pelo Decreto n.º 27.427/2000;
4) está obrigado à emissão de documento fiscal nas operações com mercadorias e nas prestações de serviços realizadas para destinatário cadastrado no Cadastro Nacional de Pessoas Jurídicas (CNPJ), ressalvado o disposto no item 3.2 (art. 7.º, § 2.º, inc. II, da Resolução CGSN n.º 10/2007 e “caput” do art. 2º da Resolução SEFAZ nº 223/09);
5) nas hipóteses em que esteja obrigado à emissão de documento fiscal, ou quando, mesmo desobrigado, queira emitir o documento, deverá utilizar, tão-somente (inc. II do art. 2º da Resolução SEFAZ nº 223/09) (vide Obs. 4):
5.1) Nota Fiscal de Venda a Consumidor - Modelo 2, observado o disposto nos arts. 47 e 49 a 51 do Livro VI do Regulamento do ICMS aprovado pelo Decreto n.º 27.427/00 (RICMS/2000), devendo ser impressa mediante prévia autorização da repartição fiscal de circunscrição do contribuinte (vide Obs. 5), com indicação de "ISENTO" no campo de inscrição estadual do emitente, devendo ser acrescentados os dados de identificação do destinatário (nome/razão social, endereço, CPF/CNPJ), conforme modelo anexo à Resolução SEFAZ nº 223/09; ou
5.2) Nota Fiscal Avulsa, observado o disposto nos arts. 36 e 39 a 41 do Livro VI do RICMS/2000, dispensado o visto de que tratam os §§ 1.º e 2.º do referido art. 39.
Na minha opinião o melhor a fazer é entrar em contato com a Sefaz novamente solicitando um esclarecimento, e pedir a báse legal, para que no futuro você possa se defender.
Espero ter ajudado. Abc.