Emissão de NFe por empresa Inapta

Estou com uma situação que para mim parece muita estranha. Meu cliente adquiriu mercadorias de uma empresa do Interior de São Paulo em pelo menos 10 remessas entre Agosto/2011 e Agostop/2012, todas as remessas efetuadas com as NFe devidamente autorizadas pela SEFAZ/SP. Em recente fiscalização foi solicitada a comprovação do efetivo pagamento das mercadorias o que de fato ocorreu o foi enviado a fiscalização. Entretanto, independentemente da comprovação dos pagamentos o fiscal autuou alegando utilização de crédito de ICMS em desacordo com o regulamento do ICMS.
Consultando o Sintegra, constatamos que a empresa está declarada INAPTA em 23/Maio/2011, embora tenha sido credenciada para emissão de NFe em 24/05/2011. O que parece ser extremamente incoerente.
Minhas duvidas são as seguintes: a)è possivel uma empresa considerada inapta ter a emissão de notas fiscais autorizadas continuamente? b) Esta data cadastral não poderia ter sido colocada posteriormente? c) Creditos obtidos a partir de uma NFe devidamente autorizada pela SEFAZ poderiam ser considerados em desacordo com o regulamento do ICMS? d) Ao autorizar a emissão de uma NFe por uma empresa INAPTA a SEFAZ não estaria induzindo o comprador contribuinte a um erro?

As vezes a sefaz coloca a data de inapta retroativa, por exemplo, a sefaz verificou e determinou que realmente a empresa é inapta em 01/2012, mas com data retroativa para 06/2011... Eu já vi casos assim.