Caroline,
Só haverá retenção do ISS na fonte quando o serviço for contratado por empresa (pessoa jurídica), se você tem recolhimento do ISS trimestral é referente uma inscrição de autônomo (pessoa física).
A legislação determina que o tomador em determinados casos efetue a retenção e o recolhimento do imposto, mas o tomador responderá pelo imposto solidariamente pela a ausência de recolhimento (se o prestador não pagar o fisco vai atrás do tomador).Exemplo:
Sua empresa contrata uma outra empresa de SP, para execução de serviços de construção civil na cidade de SP. Neste cenário deveríamos ter o ISS retido pelo tomador e recolhimento para a cidade de SP.
Imagine que o prestador emita a NFS-e sem o destaque da retenção do ISS e recolha ele próprio o imposto a prefeitura de SP. Neste caso a operação esta errada, mas não trará nenhum ônus para o tomador, pois a prefeitura de SP recebeu o valor do ISS e não há o que ser cobrado.
Neste caso o tomador seria acionado apenas se o prestador não recolher o imposto devido na operação, ou o valor esteja em aberto junto a prefeitura no momento de regularizar as certidões/habite-se.
Em caso de fiscalização da prefeitura, o primeiro a ser acionado seria o prestador pois ele emitiu incorretamente a NFS-e, indicando que ele seria o responsável pelo pagamento do imposto.
Espero que tenha ficado mais claro agora, caso persista a duvida pode entrar em contato.