Boa tarde Silvio
No campos ICMS/ST da NFe há valor preenchido e que está totalizado na nota fiscal? O ICMS ST quando retido em nota fica demonstrado neste campo e é somado ao total da nota. Assim você está pagando a ST para o fornecedor e ele é o responsável por recolher ao fisco.
Se você conhece o NCM do produto, no RICMS/SP tem a MVA original da ST. Daí tem que calcular a margem ajustada e você tem como checar o cálculo do seu fornecedor.
Para ajustar a margem original você aplica a fórmula:
MVA ajustada = [(1+ MVA ST original/100) x (1 - ALQ inter) / (1- ALQ intra)] -1]",
sendo que :
I - "MVA ST original" é a margem de valor agregado prevista para as operações internas;
II -"ALQ inter" é o coeficiente correspondente à alíquota interestadual aplicável à operação
III -"ALQ intra" é o coeficiente correspondente à alíquota interna ou ao percentual de carga tributária efetiva, quando este for inferior à alíquota interna.
Por isso informei que havendo a retenção do ICMS na NF, o fornecedor já considerou a diferença de alíquotas para fazer o cálculo.