Transferença de Mercadoria _ Empresa Incorporada

Preciso transferir uma mercadoria do estoque de uma Filial localizada em Salvador para uma nova filial incorporada em Goiânia.
Porém o processo de incorporação já foi aprovada na âmito federal e no estadual está no processo de conclusão.

Na minha opinião, para que você não tenha dor de cabeça com os fiscais de barreira, poderia depositar as mercadorias em armazém geral da localidade.

Mesmo assim haveria ônus, incusive quanto aos recolhimentos dos tributos.